計畫辦公室透過完整的服務團輔導機制，提供企業一站式諮詢服務及全方位支援。以單一窗口為基礎，依循「關懷諮詢→訪視服務→診斷輔導→個案輔導→檢討與廣宣」的循環流程，確保服務品質與成效。

在關懷諮詢階段，依據七大產業及八大服務功能進行分案。訪視服務則由專家團隊深入企業，了解實際需求。診斷輔導著重技術層面評估，並由服務團專家及院內專家共同規劃發展策略。個案輔導整合學研技術服務能量，協助企業運用SBIR A、A+淬鍊、產業創新平台等政府資源，提升研發能力。

服務團隊亦定期維護更新平台資料、召開跨分團協調會議，追蹤專案，並舉辦趨勢專題活動。透過產業功能媒合分案機制，串連臺南市創新育成基地資源，建構完整產業創新生態系，全面提升企業競爭實力。